Продолжается шестой год обучения Гарри Поттера и его друзей в школе магии и колдовства Хогвартс. События в отделе тайн кардинально изменили его жизнь, единственный оставшийся в живых родственник, с которым он планировал построить свое счастливое будущее, погиб, и чувство вины до сих пор не отступает. Все лето Гарри надеялся на воскрешение крестного при помощи сквозного зеркала, которое он ему оставил. Но Дамблдор, лично явившийся забрать парня от Дурслей, старательно объяснил ему, что воскрешение мертвых не возможно, чем и лишил его надежды.
Корнелиус Фадж оставляет свой пост, опасаясь давления магического общества Лондона. Познакомив нового министра Руфуса Скримджера с министром магглов, он уезжает из Лондона. Таинственные смерти Амелии Боунс и Эммелины Вэнс становятся последними после возрождения Темного Лорда. Первые месяцы осени по Лондону ходил страх. Были приняты меры безопасности школы и других общественных мест, разосланы брошюрки, гласившие о том, как защитить свой дом, а по Косому Переулку всюду висели кричащие плакаты министерства магии. Но, к большом удивлению магов, уже в ноябре все утихло. После таинственного ухода Оливандера, появился новый мастер по изготовлению палочек, жизнь в центре вернулась к прежнему, несмотря на то, что волшебники все же опасаются и называют это затишьем перед бурей. Новый министр бросил свой пост спустя три месяца после назначения: первого декабря он ушел, не сказав ни слова. Ходят слухи, что Пожиратели Смерти похитили его единственную дочь, но это не доказано. С тех пор в министерстве творится хаос, главы департаментов всячески пытаются поддержать действенность министерства, но у них это плохо получается. Несмотря на это, Дементоры все еще под контролем, и те, кто были арестованы весной, все еще в тюрьме. Весной дементоры покинули Азкабан, что позволило Малфою, Нотту и Креббу с Гойлом совершить побег.
«Орден Феникса» вновь в полном составе, кроме Сириуса и Чарли Уизли, погибшего при работе с особо опасным видом драконов. В семействе Уизли, несмотря на потерю сына, готовятся к пополнению. Билл, вернувшийся в Лондон из Египта, объявил о помолвке с красавицей француженкой Флер Делакур, и теперь они временно живут на площади Гриммо.
Хогвартс по-прежнему остается самым безопасным местом, но и в нем произошли некоторые изменения. Северус Снейп занял должность преподавателя защиты от темных искусств, а на преподавание зелий был приглашен предыдущий мастер Гораций Слизнорт. Прорицания отменили из-за отсутствия преподавателя. Сборная Хаффлпаффа по квиддичу разбила в пух и прах новую сборную Гриффиндора, и они забирают кубок.
Сибилла Трелони, которая остается в замке ради своей безопасности перед Рождеством, на зимних каникулах, случайно рассказывает Лаванде Браун о содержании пророчества, после чего прорицательницу убивает Пожирательница Смерти в Хогсмиде.
После трагически окончившегося товарищеского матча по квиддичу (в сентябре) члены «Ордена Феникса», следуя последним словам погибшего Оливера Вуда, ищут «Огненную книгу»; особенно это не дает покоя Гермионе Грейнджер. Орденцы узнают, где же находится книга, и отправляются в Болгарию в троянский монастырь – там она и должна находиться. В монастыре поджидают сбежавшие из Азкабана Пожиратели, начинается битва, в которой преимущество отнюдь не за членами Ордена. На помощь им в последний момент приходят Гарри, Джинни и Гермиона, вовремя узнавшие о западне. Воспользовавшись порталом, они приводят на место остальных членов Ордена – именно это и спасло тех, кто отправился на поиски книги.
В Лондоне после очередного слета пожирателей смерти был спален ресторан и убито трое из обслуживающего персонажа.
В Хогвартсе практически все студенты пятого курса подверглись заражению от неизвестного прежде вида средиземноморского тигра: в Лондон на неделю привезли очень редкое животное, Нунду, и директор решил не упускать такой редкий шанс - он добился того, что животное привезли в Хогвартс на день. О Нунде: это восточноафриканское животное является, возможно, самым опасным - гигантский леопард, передвигающийся, несмотря на свои размеры, бесшумно. Его дыхание вызывает болезни, способные опустошить целые деревни. Однако ученикам школы, можно сказать, повезло: их Нунда оказалась детенышем, поэтому эпидемия была не смертельна. Гораций Слизнорт, приготовив зелье, сумел спасти всех зараженных, в том числе и мадам Помфри, которая подхватила болезнь от уже лежавших в больничном крыле.
В январе непосредственно в школе происходит еще одно убийство по воле сил Темного Лорда – от рук Пожирательницы Смерти Сони Сэмминг погибает ученица 7 курса Рейвенкло Мариэтта Эджекомб. К Соне девушку привел Теодор Нотт, ученик Слизерина, который планировал сам убить Мариэтту, но его задержал Римус Люпин, и Сэмминг пришлось всё сделать самой. Тело девушки обнаружила Меган Джонс, случайно встретив брата Альбуса Дамблдора, который остановил время, и лишь с помощью этого удалось более-менее разобраться в произошедшем.
В Хогвартсе у Темного Лорда сразу два шпиона: Драко Малфой, с которым он лично связывается, используя сквозное зеркало, и Теодор Нотт, который ввязался в убийство Мариэтты Эджекомб и планировал отравить Кэти Белл ради своих интересов. Перед последним матчем Нотт притворяет свой коварный план в жизнь, и перед самой игрой Гриффиндорцам приходится производить замену. Поттер возвращается в команду, ловит снитч и приносит своей команде победу и кубок за второе место. Так же в рядах учеников произошла потеря – Лаванда Браун была похищена Рудольфусом Лестрангом. Лаванда знает пророчество, но не хочет о нем рассказывать. Произошло это в ту ночь, когда Гриффиндорцы праздновали победу в последнем матче – тогда же Слизеринцы выкинули особый трюк. Они украли Гриффиндорские мантии, заманили Гриффиндорцев в чулан и заперли их в пабе в Хогсмиде. Наутро об этом узнала МакГоннагал и была в бешенстве – следствием этого стало решение об ужесточении правил посещения Хогсмида.
Но всё-таки жизнь в Хогвартсе продолжается: вот и директор планирует провести весенний бал, чтобы повысить настроение учащимся и персоналу. Кто знает, чем может обернуться любое решение, но продолжение событиям следует…

Во время бала на замок нападают Пожиратели Смерти, которых Драко и Теодор проводят через Выручай-комнату. Они убили двух студенток, Эванжелину Олридж и Саманту Лав, которые случайно оказались на пути, а после подобрались к Большому залу, где и происходило торжество. Но Дамблдор и члены Ордена, которых он призвал на помощь, подозревая, что в Хогвартсе небезопасно, смогли оказать достойное сопротивление. После этого директор запер всех в Большом зале, запечатав дверь специальным заклинанием. Однако Дамблдора убил Снейп – так директор пожертвовал собой ради спасения своих учеников.
Пожиратели не добились своей цели, и ушли, но Долохов был пойман – его нейтрализовал Драгомир, спасая свою подругу.